O Kefir deve ser agitado uma ou duas vezes ao dia para permitir que todo o leite tome contato com os grãos e haja uma fermentação homogênea. Quando isso não ocorre há a formação de uma camada amarelada sobre o Kefir que são as gorduras contidas no leite (e sua espessura vai depender do tipo de leite utilizado, tanto mais grossa quanto maior a gordura contida), que os grãos de Kefir por serem compostos de bactérias e fermentos, não processam. Embora o desenvolvimento inicial dessa camada não seja prejudicial, fungos não desejados podem propagar-se nelas. Desse modo, aa agitação impede que isso ocorra, possivelmente devido ao aumento de oxigênio disponível.
